Las construcciones antiguas de la Quinta de San Pedro Alejandrino se encuentran pintadas de color amarillo ocre, entre ellas sobresale la Casa Principal; considerada como el sitio más importante de esta hacienda, pues en una de sus alcobas exhalo su último suspiro El Libertador Simón Bolívar.
Sala principal.
En la Sala Principal de la Casa Quinta encontramos pinturas de los personajes de la historia de la hacienda: un óleo del Libertador del artista español Elizaran Txapartegi, en el vemos la apariencia de Simón Bolívar para el año de 1812. De igual forma se conserva un óleo, dondese plasma el ambiente campestreque tenía la hacienda a la llegadadel Libertador Simón Bolívar en el año de 1.830.
Biblioteca.
Se conservan muebles de la época, algunos contienen libros de autores franceses, ingleses, griegos, españoles e italianos; grandes obras clásicas del siglo XVII, como El Emilio y el Contrato Social de Juan Jacobo Russeau, la Historia General de las Indias de Francisco López de Gomara y La Biblia.
Capilla u oratorio.
Reposan en este oratorio, la imagen de San Pedro Alejandrino, traída de Cádiz (España) por el fundador de la hacienda Francisco de Godoy y los restos del médico que asistió al Libertador en sus últimos días, el francés Alejandro Próspero Reverend.
Alcoba principal.
En este recinto, donde falleció Simón Bolívar el 17 de diciembre de 1830, se conserva aún el reloj que marca la hora de su muerte, la cama donde expiró el Libertador y un sillón de terciopelo rojo, donde dictó su última proclama. En este espacio se encuentra un retrato de Bolívar, realizado en 1879 por el artista colombiano Simón Celis.
Cuarto de baño.
Se conserva un bidé compuesto por un aguamanil de porcelana, las tazas sanitarias y una tina de mármol blanco italiano. El Médico Alejandro Prospero Reverend expresa en sus memorias que el Libertador recibía un baño emoliente tibio para su mejoría, los primeros días de su permanencia en la hacienda.
Sala de la Independencia.
Un homenaje a nuestro proceso emancipador se rinde en la sala de Independencia: expone óleos de algunos próceres de la historia colombiana y venezolana; sobresaliendo héroes como Policarpa Salavarrieta, Camilo Torres, Francisco de Paula Santander, José María Córdoba, Antonio José de Sucre, Francisco de Miranda, entre otros. También se exhibe en esta habitación un óleo que representa la batalla de Boyacá, ocurrida el 7 de agosto de 1819 y bajo la cual Colombia logra obtener su independencia absoluta del régimen español.
Sala Bolivariana.
Fue originalmente una dependencia de donde se coordinaba el ingenio de Don Joaquín de Mier. Además de algunos objetos que pertenecieron al Libertador, se conserva una escultura en mármol de Simón Bolívar en cámara ardiente, además de unas pinturas con la imagen de sus padres, un daguerrotipo de su matrimonio con María Teresa Rodríguez y una réplica de la espada obsequiada por el Perú al Libertador en 1825.
Sala Centenario.
En el corredor oriental de la casa principal están ubicadas las alcobas de huéspedes, que hoy día funcionan como salas temáticas: sala del Centenario en esta habitación se encuentran elementos utilizados en 1930 fecha en que se conmemoró el primer Centenario de la muerte de Bolívar.
Cocina.
En la cocina se observa un horno de la época, las ollas en hierro fundido, un pilón y una piedra que utilizaban para moler las especies. Por alimentos el Medico Alejandro Prospero Reverend le suministraba a El Libertador las masas de sagú con vino, pollo y caldo. El Sagú es una planta que se confunde fácilmente con las palmas, pertenece a la familia Cycadaceae, la harina de Sagú se obtiene de sus troncos; comúnmente utilizada como especie ornamental y para la elaboración de bebidas alimenticias.
Repostería.
Era el lugar donde se elaboraban panes y postres, se conservan el tinajero donde se depositaba el agua para el consumo, está compuesto por dos filtros y dos tinajas en barro. En este espacio le fue practicada la necropsia al Libertador, por el doctor Alejandro Próspero Reverend horas después del fallecimiento del General.
Caballeriza.
La Casa Quinta cuenta con un patio central ambientado con plantas ornamentales propias de la región Caribe, que conduce a la Caballeriza, donde se conserva en una urna de vidrio el coche utilizado para trasladar a El Libertador desde la antigua Casa de la Aduana hasta la Quinta San Pedro Alejandrino, es una Berlina de construcción francesa y de origen alemán de finales del siglo XVIII.
